Både väktare och polis ryckte ut till skolan, men ingen gärningsman var kvar på platsen när de kom fram.
– Det är oklart vad som har tillgripits, säger Mikael Hedström, presstalesperson på polisen.
Det ska ha funnits tydliga brytmärken på flera dörrar inne i skolan, men det är oklart hur gärningsmannen tagit sig in.
Delar av skolan har spärrats av för teknisk undersökning, som väntas genomföras under förmiddagen.
– Det är för att kunna säkra spår och för att se om det var liknande brottsverktyg eller tillvägagångssätt som tidigare inbrott, säger Mikael Hedström.
Inbrottet på Munksundsskolan blir det femte skolinbrottet i Enköpings kommun sedan början av april. De flesta av de tidigare har skett på Skolstaskolan. Lillkyrkaskolan blev också nyligen utsatt för inbrott – på samma dag som ett av inbrotten inträffade i Skolsta.
Mikael Hedström menar att de alltid tittar på om det finns samband mellan inbrott när det sker flera under en begränsad tidsperiod.
– Erfarenheten säger att det brukar gå i vågor. Har man tillgripit något från en skola vet man att de kommer att skaffa nytt igen och då skulle man kunna komma tillbaka, berättar Mikael Hedström.
Polisen har skrivit en anmälan om inbrott.
Larmet inkom vid 00.30-tiden.