Thaci och ytterligare nio personer anklagas för att ligga bakom "nästan 100 mord", enligt ett uttalande från domstolen som offentliggjordes på onsdagen.
De tio anklagas också för kidnappningsbrott, förföljelse och tortyr.
Misstankarna mot Thaci har framförts tidigare och han har hela tiden tillbakavisat dem.
Nästa steg är att åtalet godkänns av en domare vid domstolen.
Under onsdagskvällen kom olika bud om var president Thaci befann sig. Meningen var att han skulle resa till USA för att i Vita huset möta sin serbiske motsvarighet Aleksandar Vucićs och där överlägga om den känsliga gränsfrågan länderna emellan.
Enligt lokala medier hade var Thaci redan på väg till USA på onsdagskvällen, men USA:s diplomatiske sändebud i Kosovo och Serbien, skrev samtidigt i ett inlägg Twitter att president Hashim Thaci rtällt in sin USA-resa med anledning av beskedet från Haag.
Specialdomstolen inrättades i Haag 2016 för att pröva brottsanklagelser mot medlemmar i Kosovos befrielsearmé UCK under konflikten i slutet av 1990-talet som föregick provinsens utträde ur Serbien. Domstolen är EU-finansierad.
Hashim Thaci var under kriget hög politisk ledare för UCK-gerillan.