"Det kommer aldrig att bli en 'Autonom Zon" i Washington DC så länge jag är er president. Om de försöker kommer de att mötas med kraftfulla åtgärder", skriver Trump.
Antirasism-protesterande utlyste i måndags en "Black House Autonomous Zone" nära Vita huset vid kyrkan St John's. Namnet är en referens till "Capitol Hill Autonomous Zone" i västkuststaden Seattle.
Den sociala nätverkstjänsten förklarar sin åtgärd med att Trumps Twitterinlägg utgjorde ett hot om skada mot en identifierbar grupp.
I maj uppmanade Twitter användare att faktakolla inlägg från Trump som handlade om påstått fusk i samband med poströstning. Senare i månaden flaggades ett Trumpinlägg för ett ordval om protesterna i Minneapolis som medieplattformen markerade som förhärligande av våld. Den gången svarade Trump med nya hot.
Trots incidenterna är Twitter den amerikanska presidentens favoritmedium. Han har över 80 miljoner följare och säger sig behöva sitt Twitterkonto för att bemöta "fejkmedierna".