Det är Ante Rebic och Rade Krunic som testats positivt, meddelar klubben på sin hemsida.
Båda spelarna, som enligt klubben är asymptomatiska, var med i söndagens match mot Benevento.
"Resten av truppen har genomgått ytterligare test i dag med negativa svar", skriver klubben.
Serieledande Milan kommer förutom de spelarna som testats positivt även att sakna svenske stjärnan Zlatan Ibrahimovic, som ännu inte är tillbaka fullt från sin lårskada.